Además de sus estudios y enseñanzas realizó retiros extensos de meditación. El más largo, en Wolkha Cholung, durando cuatro años durante los cuales ocho discípulos cercanos le acompañaron. Se dice que realizó millones de postraciones, ofrendas de mandala y otras formas de purificación. Tsongkhapa tenía con frecuencia visiones de las deidades meditacionales y especialmente de Manjushri, con el cual podía comunicarse para resolver sus preguntas sobre los aspectos profundos de las enseñanzas.

Tsongkhapa estudió con más de cien maestros, practicó extensamente y enseñó a miles de discípulos principalmente en las regiones centrales y del este de Tíbet. Además escribió mucho. Sus trabajos recogidos, abarcan dieciocho volúmenes, contienen cientos de títulos referentes a todos los aspectos de las enseñanzas budistas y clarifican algunos de los asuntos más difíciles de las enseñanzas del sutrayana y del mantrayana.

Los trabajos principales son:

Gran Exposición de las Etapas del Camino (Lam-Rim Chen – Mo)
Gran Exposición de Tantras (Sngag-Rim Chen – Mo)
Esencia de Elocuencia sobre las Enseñanzas Interpretativas y Definitivas
( Drnng – Nges Piernas-Bshad Snying – Drnng-nges )
Alabanza a la Originación Dependiente (Rten – ‘brel Bstodpa)
Exposición Clara de las Cinco Etapas de Guhyasamaja (Gsang – ‘dus Rim-Lnga Gsal – Sgron)
y El Rosario De oro (Gser – Phreng).

Entre sus muchos discípulos podemos destacar

Gyeltsab Dharma Rinchen (1364-1432),
Khedrub Geleg Pelsang (1385-1438),
Gyalwa Gendun Drup (1391-1474),
Jamyang Chöjey Tashi Pelden (1379-1449),
Jamchen Chöjey Shakya Yeshe,
Jey Sherab Sengey y Kunga Dhondup (1354-143S).

Tsongkhapa murió a los sesenta años de edad, en el vigésimo quinto día del décimo mes tibetano, confiando su trono en Ganden a Gyeltsabje. Comenzó una tradición que continúa hasta hoy.El 101 sucesor en el trono de Gaden, y jefe formal de los Guelugpa, es Su Santidad Lungri Namgyel Rinpoche.

El emperador Trisong Detsen continuó apoyando el desarrollo del budismo en el Tibet, fundando el monasterio de Samye con la ayuda de Padma Sambhava (Guru Rinpoché) y de Shantirakshita, llegando a un gran florecimiento, no solo de los estudios budistas, si no de las artes y las ciencias debido a la llegada de grandes especialistas de India y China. Es en esta época cuando se produce el Concilio de Lhasa, debido a la controversia que se generó entre el budismo Mahayana de China y las prácticas Vajrayana del budismo Indio, se realizó un concilio donde se acabó decidiendo que el Tibet seguiría el modelo budista Indio. A esta época pertenece la tradición Nyingma, heredera de los primeros introductores del budismo en el Tibet.

Las revueltas de la nobleza , aliada con los sacerdotes de la tradición Bön, que temían perder sus antiguas influencias y privilegios frente al aumento del poder de los monasterios budistas, provocaron problemas dinásticos y llevaron a fragmentar la nación y a que el budismo fuese perseguido bajo el reinado del rey Langdarma.

En el Budismo tibetano existen cuatro grandes linajes principales y muchos otros menores. El linaje es muy importante en el budismo tibetano, ya que garantiza que las enseñanzas están vivas, es decir, que se han transmitido de maestro a discípulo desde tiempos de Buda y que siempre se ha hecho de forma pura, realizando completamente su comprensión.

Frecuentemente los términos Vajrayana o Budismo Tántrico se aplican como sinónimos del budismo tibetano, pero se debe precisar que los tibetanos y mongoles son budistas practicantes de la regla Mahayana, de los que muchos, aunque no todos, practican el Vajrayana.

Tantra significa «transformación», sus prácticas tienen como objetivo utilizar todo nuestro potencial para llegar a la iluminación, pero esta tarea requiere de una comprensión profunda de las escuelas Teravadha y Mahayana, de una cierta práctica en la meditación, y de una preparación específica.

Los cuatro preliminares ordinarios o «Los cuatro modos de modificar la actitud mental». Se trata de llegar a una comprensión plena de lo que significan estas reflexiones y sirven como base para una actitud de renuncia y una práctica constante y diligente. Estos temas de reflexión son:

1. La preciosa existencia humana. Nuestra existencia es difícil de conseguir y fácil de perder. Deberíamos utilizarla de la mejor manera posible, desarrollando al máximo nuestro potencial para despertar nuestra naturaleza de Buda.
2. La impermanencia y la muerte. Todo cambia, nada permanece, nuestra vida es frágil como una burbuja y el momento de la muerte es incierto, no debemos perder el tiempo apegándonos a lo que sin duda perderemos, ya que nuestro tiempo de vida es incierto.
3. El Karma y sus consecuencias. Una acción virtuosa es causa de felicidad, una acción no virtuosa es causa de sufrimiento, debemos actuar de la forma mas beneficiosa posible para nosotros y los demás, y abandonar totalmente las acciones negativas por pequeñas que nos parezcan.
4. El sufrimiento de la existencia. La esencia de nuestra existencia es el sufrimiento, sufrimos al nacer, al envejecer, al enfermar y al morir. Los que carecen de algo sufren por conseguirlo, los que tienen un poco sufren porque quieren más, los que tienen suficiente sufren para conservarlo, y al final todos perdemos lo que tenemos. Es por eso que debemos intentar trascender esta existencia.

Al llegar a una comprensión profunda y sincera de estos cuatro temas se está preparado para iniciar Los Cuatro preliminares extraordinarios o «las cuatro Grandes Tareas», consisten en cuatro prácticas que hay que repetir un número determinado de veces. La práctica de tomar refugio y generar el deseo de liberarse en beneficio de todos los seres (Bodhichitta), una práctica de purificación (Dorje Sempa), una práctica de acumulación de mérito (Ofrendas del Mandala), y una práctica de devoción al guru (Guru Yoga). Estos preliminares pueden tardar varios años en completarse, y siempre deben de hacerse supervisados por un maestro o alguien con comprensión del tema y que ya los haya realizado.

Acabados los preliminares se inician las prácticas de la meditación Mahamudra o de los Tantras (plegarias y visualizaciones) usando de base a una deidad. Las deidades tibetanas no son seres que viven en los reinos de los dioses, las deidades del budismo tibetano son aspectos de la mente, simbolizan la compasión, la sabiduría, el poder de la acción y los demás aspectos de la mente, hay una gran cantidad de deidades, algunas pacíficas, otras airadas, pero todas son aspectos de la naturaleza de Buda. Al realizarlas, el practicante Vajrayana desarrolla esa cualidad concreta, hasta el punto de llegar a su máxima comprensión y encontrar allí la verdadera naturaleza de su mente.

En el nivel más elevado está la práctica de la meditación Mahamudra o del Dzogchen (dependiendo de la escuela), consideradas las enseñanzas mas sutiles y profundas del budismo.

Hay que precisar que para practicar el budismo Mahayana y el Vajrayana es imprescindible tener un maestro cualificado, es importante que pertenezca a un linaje puro y que tenga auténticas cualidades como la compasión, que no dé importancia al éxito o al fracaso, al beneficio o a la pérdida, a las alabanzas o las críticas, al placer o al dolor, es decir que sea ecuánime, que tenga paciencia y que sea incansable en el trato con sus discípulos y en difundir el Dharma.

Tradicionalmente en Tíbet antes de llegar a una verdadera relación maestro-discípulo se esperaba un periodo de 9 años en el que el discípulo observaba las cualidades del maestro durante 3 años, el maestro las capacidades del discípulo otros 3, y se observaban mútuamente los últimos 3 años. Sólo entonces surgía el verdadero compromiso entre ambos.

En el Tibet se dice «No examinar al Maestro es como beber veneno. No examinar al discípulo es como saltar a un precipicio»

Padmasambabha, llamado por los tibetanos Guru Rinpoché (el Precioso Maestro), fué el principal introductor del budismo en el Tíbet. Allí encontró a un país de gente bárbara y tosca, un pueblo guerrero, y unos sacerdotes de la antigua religión Bön con grandes poderes mágicos y que dominaban la naturaleza del país, para poder subyugar esta situación, Guru Rinpoché tubo que utilizar toda su habilidad y poder, eso es Vajrayana, utilizar toda nuestra habilidad y poder para liberarnos del sufrimiento.

En resumen, el principal objetivo del budismo es llevar a la liberación a todos los seres sin exepción, en este sentido Buda dió una enseñanza excepcional, enseñó que todos los seres, incluído el insecto más pequeño, tienen un potencial ilimitado, la naturaleza de Buda, que les puede llevar a la iluminación absoluta.